بررسی ویژگی های توپولوژیکی ژن های تغییر بیان یافته خون در شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین برای بیماری دیابت نوع ۱

Authors

ناهید صفری علی قیارلو

nahid safari-alighiarloo proteomics research center, faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranمرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران ، ایران محمد تقی زاده

mohammad taghizadeh bioinformatics dept., institute of biochemistry and biophysics, tehran university, tehran, iranگروه بیوانفورماتیک، مرکز بیوشیمی و بیوفیزیک (ibb)، دانشگاه تهران، تهران، ایران محمد طباطبائی

mohammad tabatabaei medical informatics department, faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iran.گروه انفورماتیک پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران سوده شهسواری

soodeh shahsavari biostatistics department, faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranگروه آمار زیستی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهیدبهشتی، تهران، ایران سعید نمکی

abstract

سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول های بتا تولید کننده انسولین در پانکراس ایجاد می شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می گردند. هدف این مطالعه، جستجوی نشانگرهای کاندید در این بیماری با بررسی ویژگی های توپولوژیکی زیرشبکه حاصل از تلفیق داده های بیان ژن و برهمکنش پروتئین-پروتئین بود. مواد و روش ها: در این مطالعه، پروفایل بیان ژن سلول های تک هسته ای خون محیطی بیماران تاره مبتلا شده به دیابت از پایگاه داده gene expression omnibus (geo) دانلود و ژن های تغییر بیان یافته مشخص گردیدند. سپس این ژن ها روی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین منطبق شدند. پنج ویژگی توپولوژیکی توسط نرم افزار cytoscape آنالیز شد. در نهایت از سه پارامتر مهم درجه رأس، betweenness و closeness centrality برای معرفی نشانگرهای کاندید استفاده گردید. یافته ها: با انجام آنالیز آماری، 2467 ژن تغییر بیان یافته مشخص گردیدند که 1024 افزایش و 1443 کاهش بیان داشتند. با قرار دادن این ژن ها در شبکه، زیر شبکه ای با 949 نود و 1776 یال ساخته شد. با آنالیز توپولوژیکی زیرشبکه، پروتئین های با درجه رأس بالا (hub) و پروتئین های با betweenness بالا (گلوگاه یا bottleneck ) شناخته شدند. 9 پروتئین hub-bottleneck که مرکزیت بالا (closeness centrality) در شبکه داشتند، به عنوان نشانگرهای کاندید معرفی شدند. نتیجه گیری: نشانگرهای کاندید به دست آمده از شبکه با نگاه سیستماتیک، می توانند به عنوان نشانگرهای تشخیصی جدید و اهداف دارویی مورد بررسی بیش تر قرار گیرند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی ویژگی‌های توپولوژیکی ژن‌های تغییر بیان یافته خون در شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین برای بیماری دیابت نوع 1

سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول‌های بتا تولید‌کننده انسولین در پانکراس ایجاد می‌شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش‌های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می‌گردند. هدف این مطالعه، جستجوی نشانگرهای کاندید در این بیماری با بررسی ویژگی‌های توپولوژیکی زیرشبکه حاصل از تلفیق داده‌های بیان ژن و برهمکنش پروت...

full text

آنالیز شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین بر اساس ژن‌های تغییر بیان یافته در مایع مغزی نخاعی برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس

هدف: ام.اس شایع‌ترین بیماری تخریب میلین سیستم عصبی مرکزی است. روش‌های جدید، برای فهم بهتر بیماری‌زایی و معرفی اهداف دارویی جدید ضروری می‌باشند. هدف این مطالعه، استفاده از روش شبکه زیستی به منظور شناسایی نشانگرهای کلیدی جدید درگیر در بیماری‌زایی ام.اس بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، پروفایل بیان ژن مایع مغزی نخاعی مربوط به 26 بیمار تازه مبتلا شده به ام.اس و 18 فرد کنترل از پایگاه داده Array E...

full text

آنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول‌های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول

سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که اتانول بیان پروتئین‌ها متعددی را در سلول‌های فیبروبلاست تغییر می‌دهد. تعدادی از این پروتئین‌ها  از فاکتورهای مهم در سرطان‌زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عمل‌کردی و برهم‌کنش این دسته از پروتئین‌ها به منظور شناسایی مکانیسم‌های عمل‌کردی و سرطان‌زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش‌ها: در این تحقیق با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و الگوریتم‌های وا...

full text

آنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول

سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می دهد که اتانول بیان پروتئین ها متعددی را در سلول های فیبروبلاست تغییر می دهد. تعدادی از این پروتئین ها  از فاکتورهای مهم در سرطان زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عمل کردی و برهم کنش این دسته از پروتئین ها به منظور شناسایی مکانیسم های عمل کردی و سرطان زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش ها: در این تحقیق با استفاده از نرم افزار cytoscape و الگوریتم های واب...

full text

مطالعه برهم کنش صمغ دانه ریحان و پروتئین های آب پنیری در محیط آبی

full text

بررسی برهم کنش مهمان - میزبان در فرایند استخراج پروتئین آلبومین سرم گاوی با استفاده از سامانه های میسلی معکوس

در این مطالعه اثر میسل­های معکوس کاتیونی بر ساختار پروتئین آلبومین سرم گاوی (BSA) مورد تحقیق قرار گرفت. طیف UV، فرایند کپسوله­سازی و تراکم BSA را به ترتیب به صورت یک اوج در حوالی طول موج 279 نانومتر و پراکنش نور نشان داد. از طیفسنجی سیرکولاردیکرویزم برای یافتن ساختارهای دوم پروتئین در میسل­های معکوس و فاز آبی نرمال استفاده گردید. نتایج نشان داد که شکل بی­نظم و متراکم، صفحات نامنظم و رندم کویل، ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
کومش

جلد ۱۸، شماره ۱، صفحات ۸۶-۹۴

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023